U.C.0153年，住在SIDE3的少年冯特．波，在某天基於好奇打开了一份网路上的资料，竟是桑斯卡尔帝国失窃的军事机密。被帝国追杀的他与一名褐肤青年卡提斯与清纯的少女贝儿相遇，被卷入了与「天使呼唤」相关的争端！
U.C.0153年，被卷入「天使呼唤」相关争端的冯特．波，投身於宇宙海盗「十字先锋军」中。而以「天使呼唤」为目标的异形MS军团，以一当千的机体「沙卡斯」开始行动了。加上桑斯卡尔军、神圣军事同盟的出现，战场形成了四大势力……
U.C.0153年——觎觊「天使呼唤」的异形MS军团，能以一当千的「沙卡斯」使用卑鄙的手段，囚禁了冯特．波。不过冯特在沙卡斯的战舰中，遇到了被锁链绑住的不明MS，於是夺取它企图逃走！
U.C.153年，被觎觊「天使呼唤」的异形MS军团「沙卡斯」所囚禁的冯特．波，驾着在战舰内夺得的MS「Phantom」为了逃脱而战。在冯特的愤怒，由於「沙卡斯」将人质毫不留情送上「断头台」的卑劣行径而爆发之际，Phantom的全身被闪动的火焰所包覆!!
得到新MS「幽灵(Phantom)钢弹」的冯特‧波，为了追寻宇宙细菌「天使呼唤」降下地球。目的地是曾设置旧联邦军本部的南美贾布罗。在那里，「沙卡斯」再次出现，与冯特等「蛇之足」展开死斗。「天使呼唤」究竟会落入谁的手中——？畅销作「海盗钢弹」最新系列第5集!!
在南美洲贾布罗，以死亡宇宙细菌「天使呼唤」为中心暴发的战斗，在基索中将突然加入後，战况变得一片混乱。此时桑斯卡尔更朝战场发射核弹，冯特等人被逼入绝境——受到热烈支持的《海盗钢弹》最新系列第5集!!
为了解决被运至南美洲玛莉亚城市的「天使呼唤」，冯特等人潜入建筑在都市地下的巨大基地，却落入基索中将设下的圈套而面临生死关头。在这时候，露出真面目的沙卡斯在地面上展开战斗，城市陷入危机──超人气《海盗钢弹》最新系列第7集登场！！
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