少年「广」因在操纵机器人训练时遭到淘汰正处于失意之中，某日他走进树林，忽然看见一名裸体少女在池中戏水。正当他慌张不知该如何是好时，少女就从水中纵身一跃跳了出来，嘴上还叼着一条鱼！后来他才知道，这名少女名叫「零二」，是一位身份特殊的操纵者，还具有「叫龙」的血统……
广与长角的神秘少女「零二」成功搭乘「FRANXX」，让他再次燃起担任操纵者的希望。然而在他身边的队长・莓，却抱持着复杂的心情。这时候，广等人所属的第13部队即将要迎接第一次的实战……！
大群叫龙趁移动要塞之间进行燃料交换时，发动了袭击。面对前所未有规模的战役，孩子们感到热血沸腾。但广的身体在第二次的战斗后已经到达了极限。不仅如此，零二还收到了归队命令，广无法阻止她离开……
为了保护伙伴，为了保护都市，广与零二挺身而出，对抗大型叫龙。在激烈的战斗中，广的身体已超越极限…？矢吹健太朗版「DARLINGintheFRANXX」将走向与动画版不同的剧情发展。充满豪华全新绘制清凉插图的第4集！
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